JAグループには地域農協を統括する都道府県や全国的な組織もあり、重要な役割を果たしています。
JA全中
地域農協の指導をしており、コメ生産をはじめとする農業への取り組み方針を示したり、政策提言をまとめて農水省や自民党をはじめとした政党に提出したりしています。TPP関連集会を開いたり、選挙JAに寄り添う候補者を支援するなどJA全中は政治運動を盛んに行ってきました。
JA全農
全国の地域農協が組合員から集めたお米や野菜を、卸売り業者や小売業者に販売したり、メーカーから仕入れた肥料や農薬を、地域農協を通じて農家にお届けするという商社としての役割を担っています。
JA全農は、終戦後長い間食糧管理制度による行政の代行としてお米に関する取り決めを決めていたので、昨今の米価格高騰からの批判もこの為でありました。
日本は山間部が多く農耕可能土地が少ないため、農作に手間がかかり、農家が非効率な農業経営を余儀なくされているといいます。今後は食料自給率などを気にかけながら国が中心となり土地の整備、開発をしていくことが期待されます。